Nesta ka marrë drejtimin e skuadrës nga Serie B, Perugia.
Perugia shkarkoi trajnerin Robert Brad një xhiro para përfundimit të sezonit për ta zëvendësuar me Nestan, i cili do të përpiqet të drejtojë skuadrën drejt Serie A përmes Play Off.
Deri më tani Nesta, ka punuar si trajner në një kohë të shkurtër te skuadra e Miami.
Kujtojmë se Nesta kq qenë një futbollist legjendar italian, duke luajtur për Lazion dhe Milanin.